Trong bối cảnh những yêu cầu của thị trường thế giới ngày càng biến động, doanh nghiệp Việt Nam cần hết sức chủ động và cũng cần những giải pháp dài hạn từ phía những cơ quan quản lý. Năm nay, xuất khẩu nông, lâm, thủy sản đặt mục tiêu xuất khẩu khoảng 74 - 75 tỷ USD và nâng lên 100 tỷ USD cho năm sau. Đây là những thách thức lớn. Để đạt được mục tiêu này, Cục Hải quan kiến nghị, ngoài việc đơn giản hóa thủ tục xuất khẩu, cần tiếp tục cải cách cả thủ tục nhập khẩu nguyên liệu nhằm bảo đảm nguồn cung cho chế biến trong nước.

Hiện toàn bộ hồ sơ hải quan đã được số hóa, tự động đối chiếu dữ liệu, cảnh báo sai lệch và áp dụng quản lý rủi ro khi thông quan. Phần lớn các lô hàng nông sản xuất khẩu được phân luồng xanh. Song, ở chiều nhập khẩu, doanh nghiệp nhập khẩu nguyên liệu sản xuất hiện vẫn phải trải qua nhiều thủ tục qua các cơ quan khác nhau. Với mặt hàng thực vật thuộc diện phân tích nguy cơ, doanh nghiệp phải xin giấy phép kiểm dịch của Bộ Nông nghiệp và Môi trường trước khi hàng về cửa khẩu, sau đó tiếp tục đăng ký kiểm dịch rồi mới làm thủ tục hải quan. 

Tương tự, sản phẩm động vật phải có văn bản chấp thuận của cơ quan chuyên ngành trước khi nhập khẩu. Một số quy định cũng cần được đơn giản hóa. Chẳng hạn, trong khi người chỉ phải khai báo y tế khi có dịch bệnh, phương tiện vận chuyển hàng hóa nhập khẩu vẫn phải khai báo trong mọi trường hợp. Cục Hải quan đang đàm phán với phía Trung Quốc và một số quốc gia để công nhận kết quả kiểm tra lẫn nhau, kết nối dữ liệu qua Cổng thông tin một cửa quốc gia và phát triển mô hình cửa khẩu số, cửa khẩu thông minh.