Ở mùa giải năm nay, có 9 đội tiếp tục góp mặt từ mùa 2025 gồm: Đắk Lắk, Hoài Đức, Lâm Đồng, Quảng Ngãi (đổi tên từ Kon Tum), PVF, Tây Ninh, Trẻ Hà Nội, Trẻ SHB Đà Nẵng và Vĩnh Long. Bên cạnh đó là Huế – đội xuống hạng từ Giải hạng Nhất quốc gia 2024-2025 – cùng 4 đội thăng hạng từ Giải hạng Ba quốc gia 2025 là Trẻ Phù Đổng, Trẻ Công an Hà Nội, Trung tâm HL&TĐ TDTT Hà Tĩnh và Trường Giang Gia Định.

Theo điều lệ, các đội sẽ thi đấu vòng loại theo thể thức vòng tròn hai lượt (sân nhà – sân khách) để tính điểm, xếp hạng trong từng bảng. Hai đội đứng đầu mỗi bảng giành quyền vào vòng chung kết. Hai đội có thành tích thấp nhất ở hai bảng sẽ xuống hạng. Trường hợp có đội rút lui hoặc bị loại, toàn bộ kết quả thi đấu của đội đó sẽ bị hủy và Liên đoàn Bóng đá Việt Nam (VFF) sẽ xem xét, quyết định phương án điều chỉnh số đội xuống hạng phù hợp với thực tế.

Vòng chung kết có sự góp mặt của 4 đội vượt qua vòng loại, thi đấu theo sơ đồ bắt cặp: trận T1 (nhất bảng A gặp nhì bảng B) và T2 (nhất bảng B gặp nhì bảng A). Hai đội thua ở T1 và T2 sẽ tiếp tục thi đấu trận T3. Ba đội giành chiến thắng ở các trận T1, T2 và T3 sẽ chính thức giành quyền lên chơi tại Giải hạng Nhất quốc gia 2026-2027.

Theo kế hoạch, vòng loại diễn ra từ ngày 24/3 đến 25/4/2026 (lượt đi) và từ 6/5 đến 7/6/2026 (lượt về). Vòng chung kết dự kiến tổ chức từ ngày 13/6 đến 16/6/2026. Các trận đấu được ấn định khởi tranh lúc 15h00 trên sân không có hệ thống chiếu sáng và 16h00 đối với các sân có đèn.

Lễ bốc thăm xếp lịch thi đấu Giải hạng Nhì quốc gia 2026 dự kiến diễn ra vào lúc 9h30 ngày 6/3/2026 tại trụ sở VFF.