Rơi vào bảng D gồm những đối thủ không quá khó khăn như Sporting Lisbon, Sturm Graz và Rakow Czestochowa, Atalanta đã dễ dàng giành vé vào vòng 1/8 với vị trí nhất bảng cùng 4 chiến thắng và 2 trận hòa.

Thật tình cờ là ở vòng 1/8, đối thủ của họ lại chính là Sporting Lisbon. Gặp lại đại diện đến từ Bồ Đào Nha, Atalanta thắng 3-2 sau 2 lượt trận để lọt vào tứ kết, nơi họ tạo nên cú sốc lớn khi giành chiến thắng trước Liverpool với tổng tỉ số 3-1, trong đó đáng chú ý là thắng lợi 3-0 ngay ở trận lượt đi trên sân Anfield để tiến vào bán kết.

Một Marseille bất ổn tại giải VĐQG Pháp đã không thể làm nên bất ngờ khi chịu thua Atalanta 1-4 sau 2 lượt trận. Bị đánh giá thấp hơn, nhưng bằng chiến thuật hợp lý, và sự tỏa sáng của một cá nhân, Atalanta đã xuất sắc vượt qua Bayer Leverkusen để lần đầu vô địch 1 giải đấu cúp ở châu Âu, trong đó khả năng ghi bàn ấn tượng chính là điểm tựa của thầy trò HLV Gian Piero Gasperini khi họ 22 lần sút tung lưới các đối thủ, và chỉ có duy nhất 1 trận không thể ghi bàn.