Ngày 2/5/2025, Liên đoàn Bóng đá Thế giới (FIFA) đã có thông báo kỷ luật CLB Phú Thọ do liên quan đến hành vi dàn xếp kết quả thi đấu tại giải hạng Nhì quốc gia. Về vấn đề này, trong thời gian vừa qua, FIFA đã phối hợp LĐBĐVN yêu cầu CLB Phú Thọ cung cấp thông tin liên quan đến các vấn đề nêu trên. Việc rà soát tiêu cực được FIFA thực hiện thường xuyên và song song với các nỗ lực phòng chống tiêu cực trong bóng đá của các liên đoàn bóng đá quốc gia thành viên.

Sau quá trình kiểm tra và phân tích, Ban kỷ luật FIFA đã công bố các quyết định xử lý đối với một số đội bóng có liên quan, trong đó có CLB Phú Thọ. Theo đó, CLB Phú Thọ bị loại khỏi giải hạng Nhì quốc gia 2025 và phải xuống thi đấu ở hạng thấp hơn do có hành vi dàn xếp kết quả thi đấu. Quyết định này đã được FIFA chuyển tới CLB Phú Thọ và CLB Phú Thọ có quyền khiếu nại lên Ban giải quyết khiếu nại FIFA trong vòng 10 ngày kể từ khi Quyết định ban hành.

Cùng ngày, LĐBĐVN đã ra thông báo về các vấn đề nêu trên: "LĐBĐVN sẽ tiếp tục phối hợp với FIFA và các cơ quan chức năng để rà soát, xử lý theo quy định kỷ luật của LĐBĐVN. LĐBĐVN khẳng định đã, đang và sẽ tiếp tục xử lý nghiêm các hành vi tiêu cực, đồng thời tăng cường công tác kiểm soát trong toàn bộ hệ thống bóng đá quốc gia".