Hậu vệ nguời Mỹ gia nhập NBA sau khi được Oklahoma City Thunder chọn tại NBA Draft 2009. Anh đến với Houston Rockets ngay trước thềm mùa giải 2012 - 2013 bắt đầu. Để có được anh, đội chủ sân Toyota Center đã phải để 3 cầu thủ cùng 2 quyền chọn tân binh sang Oklahoma City để trao đổi. Tại Houston Rockets, Harden được là ngôi sao số 1, được đội bóng xây dựng lối chơi xung quanh mình và tạo ra tầm ảnh hưởng rất lớn.

Harden giành danh hiệu Cầu thủ xuất sắc nhất mùa giải khi còn chơi cho Houston Rockets

6 năm sau khi gia nhập Houston Rockets, hậu vệ này đã giành danh hiệu cầu thủ xuất sắc nhất mùa giải. Anh cũng 3 lần là cầu thủ ghi điểm tốt nhất mùa Dù vậy, đó là thành tích cá nhân, còn thực tế, Harden không có được danh hiệu tập thể nào trong màu áo đội bóng bang Texas. Anh chỉ giúp CLB vào tới chung kết miền Tây 1 lần và dừng bước trước Golden State Warriors.

Harden không còn giành được sự ưu tiên của BLĐ Houston mùa này

Sau khi kết thúc mùa trước, Houston Rockets quyết định cải tổ mạnh mẽ khi thay thế nhiều vị trí trong ban lãnh đạo và chia tay nhiều cầu thủ quan trọng. Harden cảm thấy không còn được đội bóng đối xử tốt như trước, anh nhiều lần yêu cầu được ra đi và cuối cùng đã được chấp nhận. Hậu vệ số 13 chính thức nói lời chia tay Houston Rockets vào ngày 14/1 để chuyển sang 1 chặng đường mới trong sự nghiệp.