18 CLB/Đội bóng đá đăng ký tham dự Giải bóng đá vô địch U21 Quốc gia 2018 gồm: Viettel, Hà Nội, Nam Định, Than Quảng Ninh, Sông Lam Nghệ An, Thừa Thiên Huế, SHB Đà Nẵng, Quảng Nam, Hoàng Anh Gia Lai, Đắk Lắk, Tp.Hồ Chí Minh, Becamex Bình Dương, Đồng Nai, Long An, Tiền Giang, Cần Thơ, An Giang và Đồng Tháp.

Hiện tại, Phòng tổ chức thi đấu VFF vẫn đang tiếp tục tiếp nhận hồ sơ đăng ký tham dự giải của các CLB/Đội bóng trong cả nước và sẽ chốt danh sách cuối cùng sau ngày 30/6 tới.

Căn cứ số lượng các CLB/Đội bóng đăng ký tham dự Giải, VFF sẽ tiến hành chia bảng và tổ chức thi đấu vòng loại theo thể thức vòng tròn 1 lượt tính điểm xếp hạng tại mỗi bảng (dự kiến sẽ có 4 bảng, 4 hoặc 5 đội/bảng). 7 đội có thành tích tốt nhất trong 4 bảng sẽ giành quyền vào thi đấu Vòng chung kết cùng với đội chủ nhà Thừa Thiên Huế được đặc cách vào thẳng.

Theo kế hoạch, vòng loại sẽ diễn ra từ ngày 1/7 đến 11/8/2018 tại các địa phương đăng cai các bảng đấu. Vòng chung kết được tổ chức tại SVĐ Tự Do- Huế từ ngày 7/11 đến 17/11/2018.