Tại bảng A, U21 Nam Định, U21 Viettel và U21 Hà Nội cùng 5 điểm nhưng tính đối đầu đội bóng thành Nam nhất bảng do hòa 2 trận với 2 đối thủ này 1-1 và 2-2, Viettel xếp nhì do hòa U21 Hà Nội 0-0 và U21 Nam Định 2-2, còn U21 Hà Nội xếp thứ 3 do hòa U21 Nam Định 1-1 và U21 Viettel 0-0.

U21 Hà Nội (áo trắng) bị loại ngay từ vòng bảng

Tại bảng B, U21 Phố Hiến với 7 điểm cũng giành 1 suất duy nhất dự vòng chung kết.

Bảng D cũng kịch tính không kém, khi 3 đội Long An, Đồng Tháp và Vĩnh Long cùng được 5 điểm nhưng Long An xếp trên do hơn đối đầu so với Đồng Tháp và Vĩnh Long (đều hòa có tỉ số với 2 đội này trong khi Đồng Tháp và Vĩnh Long hoà 0-0). 

Đồng Tháp xếp nhì (hơn hiệu số với Vĩnh Long là 5/1 so với 5/3) và hơn hiệu số bàn thắng bại tốt hơn so với đội nhì bảng B là Đăk Lăk (5 điểm sau khi hòa Phố hiến 0-0, hiệu số chỉ là 1/0) nên cùng giành vé nhì thứ 3 (sau Sông Lam Nghệ An và Viettel) lọt vào vòng chung kết.

Hoàng Anh Gia Lai (áo xanh) cũng bị loại từ vòng bảng

Như vậy vòng loại giải Vô địch U21 quốc gia Thanh niên 2020 đã xác định đủ 8 đội vào VCK là Nam Định, Viettel (A), Phố Hiến (B), Công an Nhân dân, Sông Lam Nghệ An (C), Long An, Đồng Tháp (D) và chủ nhà Khánh Hoà. VCK diễn ra tại Nha Trang từ ngày 10/12 đến 19/12.